Sous l'impulsion de jeunes sportifs, l'Union sportive boulonnaise voit le jour en décembre 1898 et s'oriente rapidement vers la pratique exclusive du football. Champion maritime en 1904, 1905, 1906, 1909 et 1922, Boulogne enlève également le championnat du Nord en 1926 devant le R.C. Roubaix. En Coupe de France, Boulogne atteint les quarts de finale en 1929 et les huitièmes en 1925, 1928 et 1931. L'USB fournit même quelques joueurs à l'équipe de France tels Louis Bloquel, Paul Mathaux, Alexis Mony, Pierre Mony, Maurice Tillette.

Représentant de la division d'Honneur de la Ligue du Nord (champion en 1926), l'USB profite du passage au statut professionnel de trois clubs nordistes pour sauver sa tête en DH en 1932. Sous l'impulsion du président Marcel Lacroix, Boulogne rejoint les rangs professionnels en 1935. L'USB se contente de prendre part au championnat de D2 jusqu'à la guerre sans y faire de merveilles. Lors de la saison 1938-1939, Newell inscrit 39 buts. Lucien Leduc (1937-1939) y démarre sa carrière professionnelle à 18 ans.

En Coupe de France, en revanche, Boulogne dispute les demi-finales en 1937 après avoir écarté, entre autres, le FC Mulhouse, le R.C. Roubaix et le RC Paris, soit trois clubs de D1 dont le tenant du trophée. Le 4 avril 1937, Boulogne est sèchement battu 6-0 par le FC Sochaux.

Boulogne reste amateur pendant vingt ans après-guerre. Sous l'impulsion du président Pierre Wattez, Boulogne est admis en D2 en 1959 après une candidature malheureuse en 1957. Boulogne se maintient en D2 jusqu'en 1979. Au cours de vingt ans dans l'antichambre de l'élite, Boulogne signe sa meilleure saison en 1972-1973 en décrochant la deuxième place du groupe A. En 1965, le club avait été barragiste et avait raté la promotion en D1 de peu( match perdu contre Monaco 8-1 mais aujourd'hui il y a confirmation que le match avait été acheté.... En Coupe de France, le club ne parvient pas a dépasser le stade des seizièmes de finale (1960, 1962 et 1974). En 1970, l'USB devient l'Union Sportive du Grand Boulogne.

Le club plonge en D3 en 1979, en D4 la saison suivante et se retrouve en DH en 1982. Robert Sénéchal prend alors la diretion du club qui se stabilise en D4 de 1983 à 1991, ratant d'un cheveu la promotion en D3 en 1984. En 1990, Philippe Neyring devient président et obtient le soutien de la mairie de Boulogne. Le club fait alors une courte apparition en D3 (1991-1993) mais replonge ensuite au niveau inférieur.

En juin 1994, le club est proche du dépôt de bilan avec un déficit cumulé de plus de trois millions de francs, mais la mairie et le miliardaire Jean Muselet interviennent pour sauver l'USGB (Union Sportive du Grand Boulogne). A la suite de ce sauvetage, Jacques Wattez hérite du fauteuil présidentiel. Sous sa conduite, le club adopte le nom de d'Union Sportive Boulogne Côte d'Opale. Les dernières dettes du club sont épongées suite à la campagne de Coupe de France 1998 avec plus de 7000 spectateurs présents au stade de la Libération pour assister au match Boulogne-Olympique de Marseille en seizièmes de finale. Boulogne s'incline 1-0. La saison suivante, Boulogne atteint les huitièmes de finale de la coupe et s'incline face au Lille OSC juste avant de fêter son centenaire avec faste et un match de gala contre Liverpool FC au printemps 1999.

Boulogne retrouve la Ligue 2, le 11 mai 2007, à l'issue d'un match victorieux face au SC Toulon.

Le club gagne donc sur le terrain sa promotion pour la Ligue 2 mais le 26 juin 2007, la DNCG, organe de contrôle de la Ligue de football professionnel (LFP), interdit au club boulonnais son engagement en Ligue 2 et le recrutement de footballeurs professionnels en raison de problèmes financiers.. Le 4 juillet, elle donne finalement son feu vert, permettant au club d'évoluer officiellement en Ligue 2, 28 ans après sa dernière montée.

Après une éprouvante saison en Ligue 2, Boulogne assure son maintient en remportant un match décisif lors de la dernière journée, face aux Chamois Niortais sur le score de 1-0.

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